Don Bernardino de Cárdenas y Pacheco fue nombrado virrey y capitán general de Valencia el 18 de septiembre de 1552, y entró como tal en la capital del reino el 4 de enero de 1553. Hasta 1558 desempeñó tales responsabilidades. Caballero de la Orden de Santiago desde 1539, era un hombre experimentado en las lides de la guerra y del gobierno. Había ejercido la alcaldía mayor de Toledo en 1528, intervenido en la campaña imperial de Túnez de 1535 y desempeñado el virreinato de Navarra desde 1548 a 1552. Si su padre había contraído matrimonio con la hija del condestable de Castilla, doña Isabel de Velasco y de Guzmán, él lo hizo con doña Juana de Portugal, la hija del duque de Braganza, dentro de una calculada política de enlaces para engrandecer su Casa.
Durante su virreinato, tuvo que encararse con la amenaza de los otomanos y sus aliados en el Mediterráneo Occidental. Promovió la construcción de no pocas torres de vigilancia en el litoral, que conformaron un sistema defensivo complejo que en parte fue sufragado con fondos de la Diputación del General. Don Bernardino, marqués de Elche, no descuidó la protección de sus dominios valencianos, cuyos problemas defensivos conocía bastante bien. En consideración a los servicios de su padre el primer marqués de Elche don Bernardino de Cárdenas, también adelantado de Granada y alcaide de la fortaleza de Chinchilla, se le había encomendado la alcaidía de la fortaleza de Elche en 1524, por la que rindió pleito homenaje a Carlos V.
Deseoso de proteger las naves comerciales que recalaban allí y la pesca de la albufera de las proximidades, en 1557 concluyó el establecimiento en Santa Pola de su castillo (diseñado por el gran arquitecto Antonelli en 1553), a coste de 23.000 ducados según Rafael Martín de Viciana. La cercana isla de Tabarca, entonces de Santa Pola, servía de punto de apoyo a los corsarios norteafricanos, con no poco menoscabo de los ilicitanos. Se alzaría una fortaleza de espeso muro con más de 222 metros de perímetro y cuatro baluartes de diseño moderno, como los de Gregal, Mestral o Jaloque (el Xaloc valenciano), designados así en consideración a los vientos. La guarnición inicial contó con treinta y tres hombres, a los que acompañaron sus familias, pero sus primeras ordenanzas militares se promulgarían en 1598, con atención de la retribución de su alcaide, su capellán y los distintos soldados; a su disciplina; armamento; y al orden seguido en la guarda de la misma y de la montañuela, la arboleda y el barranco.
Las medidas defensivas del marqués iban más allá de las circunstancias político-militares, y se insertaron en una decidida actitud de promoción de sus Estados señoriales, como evidencia la atención prestada a la simbólica torre de la Calahorra. Don Bernardino ordenó vaciar parte del interior de esta construcción de origen almohade para emplazar aposentos. En las obras se encontró un aljibe que conservaba hasta seis palmos de agua en buena conservación, algo que recordó a muchos lo sucedido en la campaña tunecina sobre La Goleta, en la que había tomado parte el marqués, cuando las sedientas tropas descubrieron aljibes cubiertos de tierra que preservaban apreciables cantidades de agua. Es muy probable que el hallazgo en la ilicitana Calahorra fuera una casualidad, pero la experiencia militar de varones como don Bernardino sirvió para valorar un elemento tan importante para aguantar un asedio como los aljibes, sobre cuya limpieza en el cercano castillo de Alicante sobre el Benacantil haría por entonces particular insistencia la autoridad virreinal.
