Durante el siglo XVI, una serie de localidades del reino de Valencia mejoraron su fortuna y pidieron un estatuto legal más acorde con su nueva realidad. Tal fue el caso de Algemesí, inicialmente dependiente del municipio de Alcira, que en 1568 reclamó a Felipe II erigirse en villa o localidad con potestad para aplicar la justicia civil y la criminal, excepto la administración de la pena de muerte. A cambio del pago de 8.000 ducados, aquel monarca atendió en parte su solicitud, erigiéndola en universidad, categoría intermedia entre el lugar dependiente y el villazgo. En vísperas de la expulsión morisca, en 1608, se convertiría finalmente en villa.
Las relaciones con Alcira no fueron fáciles, pues por la acequia real entabló un largo pleito, que a la altura de 1659 todavía pervivía. Estuvo en discusión su régimen de gobierno en varios puntos. Por términos se pleiteó hasta 1671 al menos.
La nueva villa quiso integrarse con plenitud en las instituciones del brazo real valenciano. En 1628 solicitó concurrir a los oficios de la Diputación del General, y su ingreso en Cortes en 1629. Quiso en 1637 que los caballeros contribuyeran a las cargas, y consta que su escribanía era gestionada por sus jurados en 1649. En el oficio de notario destacó la familia Asensi, que llegó a transmitirlo de padres a hijos.
A Algemesí también le alcanzaron las dificultades del XVII. En 1628 sus labradores pidieron que no se embargaran sus cabalgaduras. Sin embargo, los embargos causaron despoblación hacia 1640. De hecho, la condesa del Real pidió en 1645 la incautación de las rentas de la villa para cobrar lo adeudado por sus censos. Otro acreedor de Algemesí fue el Santo Oficio. Ante tales problemas, pidió en 1690 no ser visitada o inspeccionada. No obstante, Algemesí pudo sobreponerse a tales dificultades.
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