El siglo XVI, en el que el reino de Valencia se tuvo que enfrentar a la amenaza otomana, no terminó de manera pacífica y en 1595 se requirió a su Diputación del General o Generalidad a contribuir en la construcción de una flotilla de galeras, un objetivo que se evidenció muy costoso. La Generalidad se encargaba de recaudar y en cierta manera de administrar los fondos de los tributos impuestos para costear la ayuda al rey aprobada en Cortes. La situación internacional no se calmó en el XVII y a las guerras contra los corsarios berberiscos siguieron los graves enfrentamientos con los holandeses, ingleses y franceses, tan importantes para la vida comercial valenciana como amenazantes de la seguridad de sus puertos.
En 1627 la Casa de Armas de la Generalidad tuvo que afrontar la provisión de los soldados a sueldo. Llegó a enviar a sus agentes a comprar armas en Vizcaya en 1679 y entre 1696 y 1697 embarcó pólvora desde Alicante con destino al frente de Cataluña y a la plaza de Ceuta, amenazada por los marroquíes.
Sus ministros ejercieron una intensa labor y a veces embargaron bienes por defraudación de derechos, lo que ocasionó no pocos problemas con los intereses creados de oligarcas y contrabandistas. Los fraudes y los vaivenes de la coyuntura económica no beneficiaron precisamente a sus arcas, lo que obligó a recurrir al crédito. La ciudad de Valencia, nobles como el duque de Gandía y acaudalados particulares como los Cernesio le prestaron dinero, pues el rentismo era una lucrativa fuente de ganancias, cuyo enorme prestigio no había quebrantado las nefastas consecuencias financieras de la expulsión de los moriscos.
El endeudamiento de la Generalidad, forzado por los compromisos militares de la Monarquía, se mostró grave a mediados del XVII y entre 1663 y 1664 se intentaron reducir los censos. Ya desde antes, la propia institución estuvo en el punto de mira de los ministros reales. En 1635 la visita o inspección del Real Patrimonio valenciano condujo a sancionar a los responsables de incumplimiento, cuyas penas se destinaron a la misma Generalidad. Sin embargo, la visitada fue la Diputación del General en 1651, lo que demostraba el difícil compromiso entre servir al rey y al reino, a veces ciertamente complicado.
