Las conquistadas tierras de Valencia pronto se convirtieron en un reñidero entre el rey don Jaime y los varones más destacados de su círculo, como el infante don Pedro de Portugal. En 1244 logró Morella, Segorbe, Murviedro, Almenara y Castellón a cambio de la cesión al monarca del condado de Urgell y del reino de Mallorca con Menorca.
Las relaciones de Jaime I con su primogénito Alfonso, habido con su primera esposa, tampoco fueron buenas, especialmente cuando al primer nacido de su segundo matrimonio con Violante de Hungría, don Pedro, fuera declarado su sucesor en el principado de Cataluña. La adjudicación de Lérida al mismo en 1244 desagradó a los aragoneses, que se convirtieron en valedores de don Alfonso, también secundado por el rey de Castilla, interesado en la suerte de Játiva y su tierra.
El apaciguamiento de las relaciones con los castellanos resultó enormemente valioso para Jaime I, especialmente cuando tuvo que enfrentarse nuevamente a una fuerte resistencia musulmana, calificada por algunos de rebelión y por otros de prosecución de la guerra anterior. El carismático dirigente Al-Azraq se hizo fuerte en las encastilladas áreas de Gallinera, Serra y Pego.
Jaime I lo tomó con gravedad y desde Calatayud se encaminó a Burriana, donde tuvo noticias de la caída de Penáguila. Se consideró que los musulmanes habían faltado a sus pactos de rendición a nivel general y en una asamblea con los grandes magnates en la catedral de Valencia el monarca propuso la expulsión de los islamitas de tierras valencianas a partir de la festividad de Reyes de 1248. Encomendó el estratégico castillo de Játiva a Guillermo de Montcada. Muchos musulmanes marcharon agrupados del reino, saliendo por la entonces castellana Villena, donde se les cobró un tributo de tránsito.
La decisión de don Jaime no gustó a magnates como don Pedro de Portugal por la pérdida de vasallos y dio nuevos bríos a los de Al-Azraq. La resistencia islámica ganó fuerza en Eslida y Veo. Se acusó al de Portugal de darle ánimos desde sus dominios. La lucha se desarrolló con alternativas. Los musulmanes fueron derrotados en Benicadell, el paso a Cocentaina y Alcoy, pero se apoderaron de Luchente.
Mientras tanto don Pedro de Portugal hizo causa común con el infante don Alfonso, pero las gentes de Morella no siguieron el proceder de aquél. Jaime I se lo agradeció en febrero de 1249 con nuevas franquezas, consciente de la importancia de su fuerte castillo. Poco a poco, el rey fue tomando el dominio y en las Cortes de Alcañiz de 1250 propuso solventar por la vía pacífica las diferencias. Se acordó al final que Alfonso tuviera la gobernación de Valencia y Aragón y su hermanastro Pedro la de Cataluña. El de Portugal consiguió el Campo de Tarragona y la isla de Ibiza, pero el rey se quedó Morella, Segorbe, Murviedro, Almenara y Castellón. Las luchas contra los musulmanes prosiguieron tiempo después, pero el encono de parte de la alta nobleza le había dado un peligroso sesgo para Jaime I.
