Entre 1479 y 1516 el hijo de Juan II de Aragón y de su segunda mujer doña Juana Enríquez, don Fernando, fue rey de Valencia, uno de sus reinos patrimoniales, que ocupó el séptimo lugar en la enumeración de sus títulos de dominio.
Frente a Castilla las fuerzas de la Corona de Aragón aparecían débiles, pese a que el reino valenciano contaba con importantes bazas. A la animada vida cultural de su capital se unía su activa vida económica fundamentada en la agricultura comercial y el tráfico mercantil.
Los seductores encantos de las damas valencianas y la simpática vida social de la capital no evitaron los severos juicios de un caballero originario de la Silesia polaca, Nicolás de Popielovo o Popplau. A principios de 1485 anduvo por estas tierras, a las que consideró poco obedientes al rey y en exceso pobladas de musulmanes y judíos.
Esta visión fue compartida por los elementos más rigoristas del círculo de don Fernando, que siempre se mostró más cauteloso en sus acciones y declaraciones que el andariego caballero don Nicolás.
En 1472 ya había ejercido el virreinato de Valencia en nombre de su padre, fallecido en 1479. Aunque su esposa doña Isabel estuvo al tanto de sus acciones, él fue el principal gobernante de sus reinos patrimoniales. En 1479 apostó por reforzar su autoridad en plazas como la valenciana, claves para el control de todo el reino, a través de la figura del maestro racional, verdadero fiscalizador de la vida municipal.
Se encomendó el virreinato a un veterano y distinguido servidor de los Trastámara aragoneses, el gran maestre de Montesa don Luis Despuig. Entre 1482 y 1484 ciudades como Valencia y Orihuela se quejaron de las injerencias de los representantes y oficiales del rey.
La guerra de Granada interesó a los valencianos, cuyas fronteras se encontraron desde hacía más de doscientos años demasiado próximas a las incursiones de las fuerzas de los sultanes nazaríes. En 1485 se pidió desde Murcia socorro para la campaña de Almería, alzada contra la autoridad de Boabdil, entonces aliado de don Fernando.
Las mayores exigencias, no obstante, se pidieron en 1488. Se trasladaron finalmente a la más meridional Orihuela las Cortes de un reino en el que las parcialidades y los bandos obstaculizaban seriamente el ejercicio de la justicia real. Los valencianos terminaron contribuyendo económica y militarmente a una campaña que culminó con la toma de Málaga, el gran puerto nazarí. Don Fernando lo agradeció otorgando mercedes y privilegios, como el título de ciudad a Alicante en 1490.
El entendimiento entre el rey y el reino, no obstante, era frágil, máxime cuando el primero insistió en su política cesarista. Un tribunal del Santo Oficio abrió sus sesiones en la ciudad de Valencia en 1489, lo que lesionaba no pocos usos legales propios. Los inquisidores y sus servidores, además, se comportaban con jactancia en sus tratos con los recaudadores de la Generalidad y con los agentes municipales.
Vista con esta perspectiva, la expulsión de los judíos de 1492 aparece como la culminación de la tendencia de exaltación del poder regio so capa religiosa, máxime tras la entrada en Granada, contemplada por algunos en clave mesiánica. En aquel año se hizo cargo del virreinato el justicia de Aragón don Juan de Lanuza. Ante las alteraciones en las elecciones de Orihuela, en las que se insacularon en la bolsa de caballeros a muchos que no lo eran, el rey escogió a los oficiales municipales. A cambio de compensaciones económicas, se pensaría en retirar la jurisdicción a los barones en 1493.
El matrimonio con doña Isabel había servido, ciertamente, para estrechar relaciones con Castilla, que ya mucho antes proporcionaba granos, ganados y lanas a los valencianos a cambio de sus productos. Ahora bien, persistieron los límites aduaneros y la naturaleza política diferenciada de castellanos y valencianos bajo los mismos reyes. La empresa colombina, financiada con la ayuda del valenciano Luis de Santángel, no redundó en un beneficio inmediato para el reino. Al contrario. El autor del siglo XVI Francisco López de Gómara comentó la preferencia de la reina Isabel por los castellanos en Indias, que Fernando no cuestionó seriamente. Hoy en día los historiadores también han apuntado factores como la carencia de un puerto suficientemente acondicionado en la ciudad de Valencia para aprovechar tal oportunidad.
Lo cierto es que en 1495 la disputa por términos entre Villena, cabeza de un notable marquesado castellano, y Onteniente envenenaron las relaciones de los valencianos con sus vecinos de Castilla. En Orihuela llegó a volverse a temer la enemiga de Murcia.
Las guerras con Francia eran una vieja constante de la Corona de Aragón, a diferencia de Castilla, su aliada tradicional contra Inglaterra durante la guerra de los Cien Años. La disputa por el dominio de Italia reabrió el contencioso y Fernando no dudó en emplear las fuerzas a su alcance. En 1496 la capital del condado del Rosellón, Perpiñán, tuvo que ser defendida de los franceses, socorro del que participaron los valencianos con fuerzas de infantería y caballería. En las guerras de Italia no siempre el linaje de los Borja, el del papa de origen valenciano Alejandro VI, se mostró colaborador con don Fernando precisamente.
En 1497 la epidemia dejó un reino debilitado, mientras el duque de Segorbe don Enrique de Aragón, primo hermano del rey, se convirtió en el nuevo virrey. La muerte se llevó al joven príncipe Juan en 1498, lo que marcaría decisivamente el destino de los reinos hispánicos, y en 1504 a la reina Isabel.
La situación de Fernando en Castilla quedó seriamente comprometida. En 1505 nombró virreina a su hermana la reina Juana de Nápoles y en 1506 tuvo que marchar a sus reinos patrimoniales tras recibir a los archiduques don Felipe y doña Juana, los nuevos reyes de Castilla. En la localidad napolitana de Polop tendría noticia de la muerte de su rival Felipe el Hermoso.
El veterano rey no se apresuró a regresar. Aguardó a que los castellanos volvieran a reclamar su presencia y a reorganizar sus reinos. Para asesorar a los virreyes creó una audiencia o tribunal de justicia, perfeccionado posteriormente por su sucesor don Carlos. Visitó el reino de Nápoles y en 1507 retornó a Valencia con su segunda esposa Germana de Foix para entrar nuevamente en Castilla.
La epidemia de peste volvió a golpear las tierras valencianas en 1508 y los afanes de expansión en el Norte de África volvieron a dominar el horizonte exterior. En 1509 se enviaron víveres desde Alicante al conquistador de Mazalquivir don Diego Hernández de Córdoba, el alcaide de los donceles. Los valencianos fueron llamados a Cortes en Monzón en 1510 para contribuir a la magna empresa. Fernando se mostró benévolo con sus derechos de aprovisionamiento triguero desde Sicilia y con la condición trienal del temido maestro racional. Pese a los anteriores deseos de la monarquía, la orden militar de Montesa, señora de importantes dominios al Norte del reino y posible puntal valenciano de la campaña, vio reconocido su derecho a la libre elección de su gran maestre y el respeto a su jurisdicción en un tiempo en el que las órdenes militares castellanas ya habían pasado al patronazgo real. La guerra contra los musulmanes norteafricanos no franquearía las puertas a la conversión forzada de los mudéjares, por el momento.
El Fernando de esta última etapa, que comprende la incorporación de Navarra a la Corona de Castilla en 1515 oficialmente, no se muestra como un innovador de la vida pública del reino. Sin embargo, bajo su cetro estaban creciendo importantes tensiones. Las contribuciones a sus empresas fueron pagadas por los valencianos menos favorecidos en el reparto de las cargas tributarias, hecho por las oligarquías locales. Con la expansión económica creció la rivalidad entre cristianos y mudéjares en varios puntos de nuestra geografía, una rivalidad que se convertiría en un odio mayor y más generalizado cuando la empresa norteafricana, lejos de rendir los frutos esperados, diera paso al establecimiento del Argel de los Barbarroja. La Inquisición perturbó la vida social y cultural de la capital y del reino, especialmente en los medios judeo-conversos de los que emergería la gigantesca figura de Juan Luis Vives.
A la muerte del rey un 23 de enero de 1516 en Madrigalejo, lejos de Valencia, tales problemas se desbordaron y alumbraron el vasto movimiento revolucionario que conocemos como las Germanías. Posteriormente, muchos autores valencianos (como del resto de la Corona de Aragón) no se mostraron severos con la figura del rey Católico. El deán de San Nicolás de Alicante don Vicente Bendicho lo recordaría hacia 1640 como el último padre de la patria que tuvieron los reinos aragoneses, pese a la conservación de sus leyes y fueros.
