La Corona de Castilla dominó Elche entre 1243 y 1296. Formó en aquel tiempo parte del reino de Murcia junto a otras localidades situadas al Sur del barranco de Aguas como Alicante. A diferencia de lo que terminaría aconteciendo en ésta, en Elche se mantuvo una importante comunidad musulmana bajo dominio cristiano.
La villa y sus términos se entregaron al infante don Manuel, hermano de Alfonso X, en el que también recayó el adelantamiento del reino murciano. La intervención de Jaime I durante el alzamiento mudéjar de 1264-66 resultó determinante para retornarle el dominio de la villa y de la Calahorra (su fortaleza en época islámica).
La Corona de Aragón no se resignó a la muerte de Jaime I a dar por perdido el reino de Murcia y su nieto Jaime II aprovechó la crisis política castellana para invadirlo en 1296. Entonces el dominio ilicitano había pasado al hijo de don Manuel, el infante don Juan Manuel, un joven de catorce años.
Del 12 de junio al 27 de julio de aquel año el rey de Aragón asedió Elche. Pronto cayó en sus manos. Se reconoció el dominio del infante, pero acatando a Jaime II como señor supremo del territorio.
Con un ejército en campaña, el aragonés dispuso de los recursos de Elche. Ocupó la Calahorra y puso un merino o administrador de su confianza. Además de hacerse con los tributos habitualmente pagados por mudéjares y judíos, exigió cebada y acémilas de los musulmanes para sus huestes. Muchos pensaron en abandonar Elche.
El 22 de noviembre de 1297 se alcanzó un entendimiento entre Jaime II y don Juan Manuel, que solventó las cuestiones más espinosas como las de la toma de rentas y el de ciertas donaciones de bienes. En 1304 el Elche de don Juan Manuel quedaría definitivamente bajo la obediencia de Jaime II y en 1308 se incorporaría al reino de Valencia.
En aquel tiempo el poder del señor había tomado bastante de la autoridad del califa almohade, que se reservó importantes competencias judiciales, hidráulicas y comerciales. Los aljibes quedaron en manos señoriales y los mudéjares de la demarcación de Elche, Aspe, Chinosa y Monóvar tuvieron que pagar la alfarda o el tributo de mantenimiento de la red hidráulica al merino. Los impuestos comerciales del almojarifazgo sirvieron para construir el nuevo alcázar y las torres de la muralla. El tráfico por el puerto de Santa Pola ya era importante. Presencia de una fuerte comunidad musulmana y judía, repoblación cristiana, explotación de un rico término, vocación comercial y subordinación señorial, pasando de Castilla a Aragón. Tales fueron los puntos principales del carácter del Elche bajomedieval.
